魔法少女奈叶剧场版讲述了在南宋时期，提刑官宋慈外出巡查遇险时，阴差阳错结识了南戏艺人赵知亭、王陵以及舞姬何温凝。身份不同的四人几经磨合、通力合作，通过推理问询及验尸等手段，连破四件凶案，为死者平冤，还生者公道的故事。