零之使魔3本剧讲述了由名为“全领域异常解决室”的调查机关解决用身边的现代事件×最尖端的科学搜查无法查明的“不可解的异常事件”的故事。处理事件的对象，正是“所有的领域”，“神隐”“影子人”“狐狸附身”的“超常现象”等，挑战用现代科学的常识无法思考的“异常”。