樱桃小丸子2在一个美丽祥和的海岛上，有一群健康可爱的蔬菜，大家在萝卜村长的带领下，过着幸福而又快乐生活。可是神秘邪恶的基因博士在入侵了世上大部分地区后，将下一个目标瞄准了蔬菜家园，他派遣了一群变异动物去对付蔬菜们。阳光正义的小番番，善良可爱的洋葱美眉，无厘头爱恶作剧的萝卜特，脾气火爆的火辣辣，超级大吃货小胖豆……蔬菜们将使用各自神奇的技能，反抗动物们的入侵和破坏，保卫自己的家园。